投資において、投資先が破綻するケースは、時々見かけますが、投資資産を預けてる証券会社が破綻するようなケースは稀ですが、山一證券という昔に４大証券（野村、大和、日興、山一）の一角として営業していた会社が破綻したのを記憶している人も多いのではないでしょうか。
それで、ペイオフも実施されて銀行への預け入れ資金の上限が１０００万円までとされ、証券会社への預けている資金はどうかと思えば、全くペイオフの対象外みたいですね。これは、証券会社へ預けている資金は全額保証されるという意味ではなく、別の仕組みで上限１０００万円まで保証されているようです。
詳細は投資者保護基金を参照してください。
基本的には、証券会社は顧客の資金と自社の資金は分別管理が法律で義務づけられていますので破綻をしても、証券会社に預けている資金には影響はないです。万が一、悪質な証券会社が流用して破綻した場合に限って投資者保護基金が保証するようです。
参考ページ
http://odn.okwave.jp/kotaeru.php3?q=1269118